日吉大社は、比叡山の東麓に所在し、境内の東側には大津市坂本の重要伝統的建造物群保存地区が広がります。
延喜式では日吉神社一座としるされ、比叡山及び境内の八王子山を神体山とする神社で、延暦寺が開かれてからは、その守護神として発展し、全国3800余の日吉・日枝・山王神社などの総本宮です。
東本宮本殿は、境内の東端、八王子山の麓に位置します。神社が織田信長の焼き討ちにあったため、文禄４年(1595)に再建されたことが、記録から明らかになっております。
建物は、織田信長に焼かれたものの、平安時代以来の様式を伝えているといわれる、特殊な日吉造で建てられており、国宝の西本宮本殿と重要文化財の摂社宇佐宮本殿も同じ形式で建てられています。平面は、正面三間、側面二間の内陣の正・両側面に外陣を配置し、更にその外側の四周に高欄付きの縁を廻し、正面に木階を設け向拝としています。この身舎の正・両側面の三方に庇を設けた平面構成が、日吉造（ひえづくり）の特徴的な外観にもよく現れています。
正面は、入母屋造のようですが、背面は庇がないために、左右の庇の部分を縋破風でおさめていますので、屋根を垂直に切り落としたような独特な姿となっています。
また、建物の床が地面より高いため、床下に下殿（げでん）と呼ばれる、仏式で、神を拝んでいた特殊な部屋が設けられています。