その名の通り、当大社独特の建築構造であり、東西両本宮と宇佐宮の三社に用いられています。 外観は一見するとお寺によく見られる入母屋造ですが、背面に大きな特徴がございます。 その理由は、内部構造にあります。神社建築に共通する板壁に囲われ、正面中央にのみ扉を設けた閉鎖性と神秘性を兼ね備えた神様のお部屋（内陣）の前面と両側面に庇（外陣）を取り付けているので、入母屋造の背面をバッサリと切り落とした様になります。 また床下に明治の神仏分離まで本地仏を安置していた「下殿」と呼ばれる部屋が設けられているのも特徴です。 古くは北野天満宮や八坂神社も同形式であったようで、神仏習合の信仰形態が影響していると考えられます。 災害による再建に際してもこの形式を守り続けてきたのです。